Superman og Lois Lane deltager i Loises mors begravelse i Smallville sammen med deres tvillinge teenagesønner Jonathan og Jordan, hvor de genforenes med gamle venner og naboer. Tvillingerne overlever en ulykke på mystisk vis, og det viser sig, at Jordan har arvet superkræfter efter sin far, mens Jonathan er mere atletisk. Samtidig står Superman og General Lane over for en mystisk fjende, der saboterer atomkraftværker, og som de identificerer som "Captain Luthor". Edge EnerCorps direktør, Morgan Edge, mistænkes for at have uhyggelige planer for Smallville, og Clark og Lois beslutter at flytte ind på Kent-gården for at give Jordan privatliv til at udforske sine kræfter.
