Zwei Jahre sind vergangen, seitdem Sektion 9 mit Gewalt von den Umibozu aufgelöst wurde. In der Zwischenzeit haben sich Mitglieder von Sektion 9 neu organisiert, ihre Stützpunkte wiederaufgebaut und ihre alte Rolle als Spezialeinheit zur Bekämpfung des Cyberkriegs übernommen. Doch das Team ist wie in einem Machtvakuum gefangen, denn obwohl die Gruppe neuformiert wurde, operiert sie ohne Zustimmung der japanischen Regierung, da diese auf das „Gesetz zur Beschränkung von Sondereinheiten“ zurückgriff.
