Während die COVERS damit beginnen, die Menschen, einschließlich Mako, zu entführen, gelingt es Satsuki mit letzter Kraft eine Explosion auszulösen, die Ryuko und den Anderen die Flucht ermöglicht. Einen Monat später haben sich die Elite Vier und Nudist Beach verbündet, um gegen die COVERS zu kämpfen, die nun ganz Japan angreifen, während sich Ryuko seit dem Kampf immer noch in einer Art Koma befindet. Satsuki, die von ihrer Mutter Ragyo gefangen gehalten wird, erfährt, dass ihr Vater Soichiro seinen eigenen Tod offenbar nur vorgetäuscht hatte, um sich so in Isshin Matoi zu verwandeln und Ryuko aufzuziehen, während er an seiner Rache gegen Ragyo arbeitete. In Osaka sehen sich derweil die Elite Vier zu einem Kampf gegen die COVERS gezwungen, können aber mit einem neuentwickelten Gerät Mako wieder aus dem Anzug befreien.
