Kigali, printemps 1994. Alors qu'il tourne un reportage sur le sida au Rwanda, le journaliste québécois Bernard Valcourt est témoin des tensions grandissantes entre les communautés Tutsis et Hutus. Depuis le chic Hôtel des Mille Collines, où il loge, et où travaille Gentille, la serveuse dont il est épris, Valcourt tente d'expliquer aux médias canadiens les causes du conflit imminent. Or, celui-ci éclate avant qu'il n'ait eu l'opportunité d'épouser Gentille afin de la doter de la protection diplomatique. Dans le chaos, les deux amoureux sont bien vite séparés. Après avoir passé plusieurs mois bloqué à la frontière, Valcourt revient dans la capitale, complètement ravagée, dans l'espoir d'y retrouver Gentille. Mais la jeune femme est introuvable.
