Les Décepticans, maintenant dirigés par Starscream, continuent à attaquer des objectifs sur la Terre, mais sont facilement contrecarrés par les Autobots. Optimus Prime envoie Prowl et Bluestreak contre les forces d'assaut des Décepticans, mais ceux-ci ne sont pas de taille à lutter contre une armée entière. Un Mégatron bien vivant prend contact avec les Décepticans restés sur terre et revient par le pont spatial. Entretemps, Bumblebee, Spike et leur ami Chip Chase, un champion de l'informatique cloué à son fauteuil roulant, sont mis au courant d'un projet humain de mise au point d'une formule d'anti-matière. Une copie de secours est confiée à Chip pour sauvegarde. A la maison, Chip reçoit un appel de détresse de Prowl et assure son contrôle, ce qui lui permet, à lui et à Bluestreak, de triompher des Décepticans qu'ils ont découverts. Mégatron et les Décepticans tentent de voler la formule anti-matière, mais Chip parvient à l'effacer de son ordinateur. Mégatron réussit vite à obtenir du scientifique l'endroit où se trouve la copie de secours, et les Décepticans s'emparent de l'enceinte du projet de fabrication d'anti-matière où ils retiennent Chip en otage. Hound et Mirage, à l'aide de leurs capacités exceptionnelles, s'arrangent pour infiltrer l'enceinte et pour faire sortir Chip. Les Autobots attaquent, mais Mégatron armé de l'anti-matière est trop puissant. Finalement, l'anti-matière devient trop instable et Mégatron doit s'en débarrasser.
