A történet az ifjú doktor Kuro Hazama(Masaki Okada) körül forog, vagy ahogy mindenki ismeri: Dr. Black Jack! Történt egyszer, karácsony estéjén egy bombarobbanás az egyik bevásárlóközpontban, mely során Hazama édesanyja súlyosan megsérül és kómába esik. A fiúcska arca is súlyosan sérült, nyoma egész élete során emlékeztetni fogja erre az esetre. A kórházban egy bizonyos Dr. Jontaro Honma kezei alá kerülnek, aki az igazat mondja a kisfiúnak: ha az orvostudomány tovább fejlődik akkor talán újra felébred édesanyja, de addig semmi remény rá. Hazama 9 évesen elhatározza hát, hogy orvos lesz! 15 évvel később az ifjú Hazama már 24 éves, orvosi hallgató, édesanyja pedig még mindig kómában. Összehozza a sors Yuna-val(Riisa Naka), aki Black Jack segítségére szorul, csak az ő kezei tudják megmenteni szeretett testvére életét. Ezzel azonban hatalmas bajba hozza Hazama-t…
