Sebagian kecil remaja memiliki permulaan kemampuan khusus. Yu Otosaka dengan cekatan menggunakan kemampuan yang mengambil alih tubuh target selama lima detik untuk menjalani kehidupan sekolah sebagai siswa teladan, dan diterima di sekolah menengah bergengsi. Tepat ketika Yu akan menjalani kehidupan yang stabil di sekolah menengah, seorang gadis bernama Nao Tomori muncul di hadapannya...
