Sei mesi dopo gli eventi di Magical Girl Lyrical Nanoha: The Movie 1st, Fate è tornata a Uminari City con Lindy come sua tutrice legale e sta vivendo la vita di una normale studentessa elementare insieme a Nanoha e ai suoi amici. La riunione tra i due ritrovati amici è interrotta, tuttavia, quando vengono assaliti da quattro antichi utenti magici che si identificano come i Wolkenritter. Mentre i motivi dietro le azioni dei Wolkenritter diventano chiari, Nanoha e Fate si trovano in una corsa contro il tempo per fermare la riattivazione di un artefatto altamente pericoloso noto come il Libro delle Tenebre.
