La trama segue Lupin, Jigen, Goemon e Fujiko uniti per rubare un gioiello noto come il "Cuore cremisi di Cleopatra", inestimabile prezioso custodito in una gigantesca cassaforte di massima sicurezza chiamata "L'Arca di Navarone". Ad ostacolare la riuscita del piano l'instancabile ispettore Zenigata pronto ad insidiare Lupin ed i suoi con nuove trappole e tranelli.
