Attivando i sistemi dell'antica città di Atlantide, una forma di vita aliena è riuscita a sfuggire dal suo contenimento e minaccia di distruggere la città assorbendone l'energia. Nel frattempo McKay si sottopone volontariamente alla terapia genetica messa a punto dal Dott. Beckett per attivare il gene dormiente degli Antichi.
