Nella quinta stagione, il mondo si sta finalmente riprendendo dal virus mortale che ha decimato la popolazione, ma i disordini politici globali rimangono ancora. Tom Chandler si è ritirato e il suo ex equipaggio si è sparpagliato. Sasha Cooper, il tenente Danny Green, SBS WO-N Wolf Taylor e il sergente Azima Kandie sono in missione segreta a Panama. Quando sono incolpati per un attacco al presidente panamense, le conseguenze per gli Stati Uniti sono drammatiche. LaNathan James deve combattere per prevenire l'invasione dell'America Latina e la prossima guerra mondiale.
