Dopo aver sconfitto Brock, Rosso ottiene un fossile a Monte Luna e incontra un membro del Team Rocket. Riesce inoltre a sconfiggere i capipalestra Misty e Lt. Surge, ottenendo rispettivamente la Medaglia Cascata e la Medaglia Tuono. Tra gli strumenti in suo possesso figurano l'MN 01, l'Amo Vecchio e la Bicicletta. Raggiunto il Centro Pokémon di Lavandonia, Rosso è spinto a visitare la Torre Pokémon, ma l'infermiera gli suggerisce di recarsi al rifugio per Pokémon di Mr. Fuji. Lì apprende la storia di un cucciolo di Cubone orfano e scopre che il Team Rocket ha preso possesso della torre, in cui sembra vivere un fantasma. Blu decide di anticipare le mosse di Rosso, ma alla vista dello spettro, fugge a gambe levate, scontrandosi con il rivale che stava salendo. Rosso schiera il suo Charmeleon e, grazie alla Spettrosonda sottratta da Blu ad uno dei membri dell'organizzazione criminale, riesce a capire che lo spettro è in realtà Marowak, la madre di Cubone. Con l'aiuto di Cubone, Rosso mette in fuga il Team Rocket e salva Mr. Fuji che decide di donargli un Poké Flauto e due misteriose sfere.
