평화로운 생활을 보내던 고에몬은 오다 노부나가의 닌자들에 의해 아이를 잃는다. 복수의 화신이 된 고에몬은 반 오다 노부나가 파인 사이카당에 들어가서 닌자 부활을 선언한다. 고에몬은 아케치 미쓰히데를 이용해서 오다 노부나가를 죽이게 된다. 오다 노부나가의 죽음 이후 천하의 형세는 변하게 되고, 권력을 잡은 도요토미 히데요시가 사이카당을 전멸시키려 군사를 일으킨다. 여기서 고에몬 혼자 살아남게 되어 도요토미 히데요시에게 복수를 하려고 하나, 결국 도중에 잡히고 만다.
