초능력자들을 조사하는 정체불명의 고위 정부기관에서 일하는 베넷의 양딸 클레어는 과실치사로 죽지만 자연 재생력을 지닌 덕분에 기적적으로 되살아난다. 유전학자 모힌더는 초능력자에 관한 조사를 포기하고 인도로 돌아가려고 한다. 하지만 그때 피터가 찾아와 자신의 형인 네이슨의 비행능력과 화가 아이작의 미래예지 능력에 관해 말해준다. 아울러 피터는 자신은 초능력자의 옆에서 그 능력을 복제하는 것 같다고 말해준다. 한편, 화가 나면 난폭한 분신이 나타나 괴력을 발휘하는 싱글맘 니키는 빚을 없애주는 대가로 피터의 형, 네이슨을 유혹하는 일을 맡는다. 시공을 자유자재로 넘나드는 능력을 지닌 히로는 미래의 재앙을 막기 위해 다시 미국으로 날아와 피터를 찾아온다.
