나뭇잎 마을에서 만난 나루토에게 희망을 걸며, 소중한 동료인 나가토와 야히코의 유해와 함께 고향인 비 마을에 돌아온 코난의 앞에 마다라가 나타난다. 마다라는 힘을 얻기 위해 나가토의 윤회안을 노리고 있었다. 마다라가 자신의 야망을 위해 언젠가 눈 앞에 나타날 것이라고 예상하고 있었던 코난은 그 때를 대비한 비책을 미리 마련하고 있었다. 동료의 유골과 그 추억을 지키기 위하여, 세계를 혼돈에 빠뜨리려는 마다라의 야망을 저지하기 위하여, 코난의 결전이 시작된다
