In 1999 stortte een enorme meteoor op de aarde neer met daarin buitenaardse wezens, bekend als Worms. Deze wezens namen de identiteit van echte mensen aan en doodden ze vervolgens. Om deze nieuwe dreiging het hoofd te bieden, werd ZECT gevormd, die op zijn beurt het Masked Rider System creëerde om de wormen te bestrijden. De gevechten duren meer dan zeven jaar, waardoor de hulpbronnen van de aarde uitgeput raken en de aarde in een dorre woestenij verandert. Tegenwoordig heeft de machtsstrijd in ZECT ervoor gezorgd dat er een nieuwe groep is ontstaan, bekend als Neo-ZECT. Souji Tendou, een man die de Kabuto Zector hanteert, besluit om onbekende redenen zijn macht aan ZECT of Neo-Zect te verkopen.
