Sheppard keert terug via de Stargate naar Atlantis, na een missie om Teyla te vinden. Eenmaal aangekomen ontdekt hij dat Atlantis verlaten is, en dat de planeet een totale klimaatsverandering heeft ondergaan. Hij probeert via de radio contact te zoeken naar leven en uiteindelijk hoort hij de stem van Rodney McKay. Tot Sheppards verbazing ziet hij dat Rodney McKay maar een hologram is.
