Het SG-1 team ontsnapt door de Stargate voor deze buiten werking wordt gesteld. Aan de andere kant komen ze tot de ontdekking dat de visioenen van Daniel waar zijn. Apophis is onderweg naar de Aarde om deze te vernietigen. Aan het team de taak om Apophis en diens zoon, de Goa'uld Klorel, die het lichaam van hun vriend Skaara heeft overgenomen.
