In seizoen 3 probeert Hanna Utrax, de sinistere organisatie die haar heeft gemaakt, te vernietigen met de hulp van CIA-agent Marissa Wiegler. Het verhaal doorkruist Europa en komt tot een hoogtepunt als Hanna en Marissa het echte, verschrikkelijke doel van de operatie ontdekken en wie er uiteindelijk achter zat.
