Dr. Saotome keert terug uit de dood nadat hij schijnbaar is vermoord door Getter Pilot Nagare Ryoma en bedreigt de wereld met zijn ultieme creatie: de Shin Dragon. Ryoma werkt met tegenzin samen met zijn voormalige co-piloten Jin Hayato en Tomoe Mushashi om Dr. Saotome te bestrijden. De piloten moeten ook omgaan met de mysterieuze indringers, buitenaardse wezens die het vermogen hebben om mensen te bezitten en hun vlees te verwarmen om afschuwelijke wezens te vormen.
