Dr Daniel Jackson przybywa na Atlantydę, aby zbadać ukryte laboratorium pozostawione przez nieuczciwego starożytnego naukowca Janusa. Ich odkrycie przyciągnęło uwagę tajemniczej grupy kosmitów, którzy infiltrowali miasto. W międzyczasie "Todd" i delegacja przybywają na Dedala, by przedstawić terapię genową dr Jennifer Keller.
