Um desanimado Shinji encontra um garoto de bom coração chamado Kaworu, que rapidamente se torna seu amigo próximo. No entanto, Kaworu (selecionado anteriormente como o piloto substituto para EVA-02) logo é revelado como o Mensageiro Final. Esta virada de eventos deixa Shinji com um cruel dilema: Salvar a humanidade significará matar seu único e verdadeiro amigo no mundo.
