I juni 1941 deporterades 40 000 människor från Estland, Lettland och Litauen till arbetsläger runt om i Sovjetunionen. Där vindarna möts berättar historien om estniskan Erna Tamm, som förvisades till Sibirien tillsammans med sin lilla dotter Eliide. Filmen är baserad på de brev som verklighetens Erna skrev till sin make, Heldur, utan att veta var han befann sig eller om han ens levde.
