У 20199 році Ямато, отримавши систему відновлення Землі, повертається з Іскандеру на рідну планету. Проте на околицях Великої Магеланової Хмари вони зустрічаються з новою інопланетною расою Ґатлантіс. Їхній ватажок вимагає команду Ямато здатися та віддати корабель. Не маючи змоги протистояти ворожому флоту, Ямато здійснює космічний стрибок і опиняється в загубленому світі. Розвідкоманда вирушає до загадкової планети і знаходить корабель, який ніколи не мав би бути там...
