Sheppard je spolu se dvěma botanickými pracovníky na pevnině planety, kam se před rokem a půl přesunula Atlantida. Najednou jej někdo unese a sváže. Když se snaží uniknout, zastaví ho někdo, koho opravdu nečekal a koho sám před dvěma roky zastřelil - Acastus Kolya. Na Atlantidě se mezitím Woolsey setkává s novou členkou expedice - dr. Vanessou Conradovou, která přiletěla na Apollu. Zároveň je Woolsey podroben analýze IOA, zda je pořád způsobilý vést expedici na Atlantidě. McKaye spolu se Zelenkou však čeká další nečekané zjištění - na planetě se nachází i prastará rasa, která potřebuje přežít...
