Noch immer sind die vier Ninja auf der Suche nach dem perfekten Ort für Lloyds Training. Bei einem Streifzug durch die Stadt stoßen sie auf ein Do,jo,. Es scheint ideal, doch macht ihnen der Besitzer das Leben schwer. In der Zwischenzeit hat Lord Garmadon die goldenen Waffen zu einer Megawaffe zusammengeschmiedet. Allerdings weiß er noch nicht so recht, wie er diese einsetzen kann. Bei einem Tobsuchtsanfall auf seinem Schiff, der Bounty, stößt er zufällig auf das Tagebuch des alten Piratenkapitän Soto. In einem unbedachten Moment wünscht er sich die Seeräuber herbei. Prompt reagiert seine Megawaffe und holt die Piraten in die Gegenwart. Erfreut schlägt Lord Garmadon ihnen ein Bündnis vor, doch Kapitän Soto denkt gar nicht daran, mit dem Lord einen Handel einzugehen. Zusammen mit seinen Schlangenuntergebenen wird Garmadon ins Verließ gesperrt, während die Piraten Kurs auf Ninjago nehmen. Nur noch die Ninjas können die Seeräuber aufhalten?
