A Philadelphie, Mulder et Scully partent enquêter sur l'assassinat d'un fonctionnaire. D'après les premiers indices, il semble peu évident que ce crime ait été commis par un être humain. En parallèle, Scully doit faire face à une affaire personnelle : sa mère vient d'être admise dans un hôpital de Washington et elle est dans le coma. Cette situation plonge Scully dans son passé et fait remonter des souvenirs douloureux...
