Lyoko et le Cortex étant créé sur le même modèle, Jérémie tente de créer un virus afin de détruire le Cortex de l'intérieur. N'y arrivant pas, malgré l'aide d'Aelita, il fait appel à la nouvelle surdouée du collège, Laura, à qui ils font découvrir le supercalculateur. Laura parvient à créer un virus, mais en profite, à l'insu de Jérémie, pour pirater le programme de retour vers le passé qui n'a alors plus d'effet sur elle.
