Il dottor Cox non riesce a capire di cosa sia affetto un suo paziente e JD e Turk cercano di ridurre l'autostima del dottor Cox. Carla ed Elliot fanno di tutto per convincere il presidente della commissione a non far andare in pensione Kelso. Quest'ultimo passa tutta la giornata a parlare con uno specializzando di ciò che è stato per lui il Sacro Cuore. Cox intanto affida un campione delle urine del suo paziente a J.D. che, dopo aver parlato con Turk, lo dimentica sulla ringhiera dell'ingresso. Le urine esposte al sole diventano viola. Dopo aver fatto una ricerca con Google, i due scoprono che il paziente è affetto da porfiria acuta intermittente e trovano il modo di rinfacciarlo al dottor Cox. I rappresentanti riescono a convincere la commissione a ritirare la richieste di dimissioni ma con grande sorpresa Kelso decide di concludere egualmente la sua carriera con un sorriso stampato in volto.
