Dopo che Mako e Senketsu prevengono la battaglia tra Ryuko e Tsumugu, Aikuro spiega a Ryuko che la sorella di Tsumugu, Kinue, è morta in un esperimento con le biofibre e che Senketsu è stato fatto con il DNA di Ryuko, ragion per cui lei è la sola che possa indossarlo e comunicarci. Nel frattempo l'accademia Honnouji si prepara per il grande festival della cultura e dello sport per celebrare la visita di Ragyo della scuola. Sapendo che l'evento è in realtà una copertura per un esperimento finale in cui tutta la città di Honnouji verrà concessa in sacrificio alle biofibre, Ryuko e gli altri si dirigono verso l'accademia, dove la cerimonia ha inizio. Mentre Ragyo inizia a far divorare dalle biofibre chiunque presente nello stadio, Ryuko e compagnia arrivano sulla scena. Improvvisamente Satsuki trafigge Ragyo attraverso la schiena e annuncia la sua ribellione contro di lei e le biofibre, rivelando che questo era l'obiettivo per cui aveva creato l'accademia Honnouji.
