Mentre le covers iniziano a rapire i cittadini, Mako inclusa, usando la loro essenza vitale per alimentarsi, Satsuki attiva un'esplosione per far scappare Ryuko. Un mese più tardi i quattro leader si uniscono ai Nudist Beach per combattere contro le covers, che stanno conquistando l'intero Giappone, mentre Ryuko è rimasta in coma sin dalla battaglia. Nel frattempo Satsuki è stata imprigionata da Ragyo, la quale le spiega che suo padre, Soichiro, ha messo in scena la propria morte e si è camuffato da Isshin per crescere Ryuko e preparare la sua vendetta contro di lei. Intanto i quattro leader prendono presto posizione contro le covers usando un nuovo strumento per salvare Mako. Appena le covers cominciano a fare rumori assordanti come meccanismo di difesa, Ryuko si risveglia dal sonno, distruggendole e salvando le persone da loro imprigionate con un solo colpo. Tuttavia si mostra ostile nei confronti di Senketsu, sentendo di essere se stessa un mostro disumano, e afferma che non lo indosserà mai più.
