Dei cloni di carta di Ragyo e Nui appaiono davanti a Ryuko, persuadendola a tornare all'accademia Honnouji per affrontarle. Rifiutando qualsiasi aiuto da parte degli altri, Ryuko parte per Honnouji da sola. Dopo aver violato il sistema delle telecamere di sicurezza di Honnouji e aver individuato la posizione di Satsuki, gli alleati di Ryuko capiscono dalle sue azioni che sta pianificando qualcosa. Con la loro determinazione appena rinnovata, si mettono in viaggio sulla nave da guerra Sole nudo di Aikuro e si dirigono verso l'accademia Honnouji per partecipare alla battaglia. Intanto Ryuko arriva sul luogo ed affronta Nui, la quale rivela di avere anche lei un corpo di biofibre. Ragyo la intrappola e la costringe ad indossare Junketsu, che inizia a riscriverle i ricordi per farle credere di essere stata amorevolmente cresciuta da lei sin dalla nascita. Nel frattempo Satsuki fugge dalla prigionia e raggiunge i Nudist Beach sul Sole nudo. Dato che Ryuko, ora vestita con Junketsu, arriva sulla nave per attaccarli, Satsuki indossa Senketsu e si prepara ad affrontarla.
