Shinji i Asuka są podekscytowani nadchodzącą wycieczką do Okinawy, jednak ich humor szybko znika gdy dowiadują się, że muszą pozostać w Tokio-3 na wypadek kolejnego ataku. tymczasem w aktywnym wulkanie zostaje wykryty kolejny Anioł, Sandalphon, tym razem w stanie embrionalnym. Chcąc pochwycić go w tym stanie, NERV wysyła Asukę w specjalnie przygotowanej Jednostce 02 wprost w krater wulkanu.
