Донни модернизирует Металлическую Голову, добавляя ему новые возможности в программу, вследствие чего черепашки начинают волноваться насчёт него. В это же время, черепашки должны противостоять Крэнгам, которые похищают мутантов, чтобы потом контролировать их.
